Upravni odbor je izvršno i koordinativno tijelo FLAG-a Istarska batana koje organizira i obavlja tekuće poslove FLAG-a između dvaju zasjedanja Skupštine.
Jedna od najvažnijih zadaća Upravnog odbora je provođenje postupka odabira projekata u sustavu provedbe decentralizirane raspodjele financijskih sredstava iz javnih izvora kojima upravlja FLAG.
Rad Upravnog odbora temelji se na odredbama Uredbe (EU) 1303/2013 te Delegirane uredbe Komisije (EU) 240/2014 koje se odnose na lokalno razvojno partnerstvo koje provodi lokalni razvoj pod vodstvom zajednice te nacionalne regulative za provedbu LEADER/CLLD-a u okviru Zajedničke ribarstvene politike.
Sastav Upravnog odbora čine Predsjednik, Dopredsjednik i još 9 članova Skupštine. U radu Upravnog odbora FLAG-a bilo koja pojedinačna interesna skupina ne ostvaruje više od 49% glasačkih prava. Uz navedeno, udio predstavnika gospodarske interesne skupine iz sektora ribarstva u Upravnom odboru FLAG-a mora biti najmanje 40%, a najviše 49% kako bi se osigurala njihova značajna zastupljenost.
Članovi Upravnog odbora FLAG-a Istarska batana su:- Općina Medulin, predstavnik Ivan Kirac – Predsjednik FLAG-a (javni sektor)
- Benđo obrt za morski ribolov, predstavnik Rikardo Šuran (gospodarski sektor)
- Grad Rovinj-Rovigno, predstavnica Martina Čekić Hek (javni sektor)
- Grad Vodnjan-Dignano, predstavnik Edi Pastrovicchio (javni sektor)
- Udruga „Kuća o batani-Casa della batana“, predstavnik: Ennio Cherin (civilni sektor)
- Športsko ribolovno društvo „Banjole“, predstavnik Sandi Jurlina (civilni sektor)
- Sportska ribolovna udruga „Marlera“, predstavnik Denis Beletić (civilni sektor)
- Gaia d.o.o. za gospodarski ribolov i turizam, predstavnik Mauro Venier (gospodarski sektor)
- Medulin excursions, obrt za prijevoz putnika i morski ribolov, predstavnik Siniša Milutinović (gospodarski sektor)
- Aqua farma d.o.o., predstavnik Elvis Catela (gospodarski sektor)
- Vižula ribarstvo i trgovina d.o.o., predstavnik Igor Đokić (gospodarski sektor)
- udio predstavnika javnih lokalnih socio-ekonomskih interesa: 27,25%
- udio predstavnika civilnih lokalnih socio-ekonomskih interesa: 27,25%
- udio predstavnika gospodarskih lokalnih socio-ekonomskih interesa: 45,50%
