Predsjednik obavlja izvršne funkcije te je odgovoran za provedbu odluka i akata koje donose tijela FLAG-a. Za svoj rad Predsjednik je odgovoran Skupštini.

U slučaju odsutnosti, spriječenosti ili sukoba interesa Predsjednika u donošenju odluka o radu FLAG-a zamjenjuju ga Dopredsjednik ili Voditelj.

Predsjednik FLAG-a Istarska batana je Ivan Kirac, predstavnik Općine Medulin, a Dopredsjednik je Rikardo Šuran, predstavnik obrta za morski ribolov Benđo (Fažana)