Nadzorni odbor je tijelo koje vrši nadzor nad zakonitošću rada FLAG-a. Nadzorni odbor ocjenjuje izvršenje odredbi Statuta i drugih općih akata FLAG-a, nadzire zakonitost financijskog i materijalnog poslovanja i pravilnost raspolaganja sredstvima te razmatra i donosi odluku o podnesenim prigovorima na odluke Upravnog odbora FLAG-a o odabiru projekata u sustavu provedbe decentralizirane raspodjele javnih sredstava kojima upravlja FLAG.
Rad Nadzornog odbora temelji se na odredbama Uredbe (EU) 1303/2013 te Delegirane uredbe Komisije (EU) 240/2014 koje se odnose na lokalno razvojno partnerstvo koje provodi lokalni razvoj pod vodstvom zajednice. U radu Nadzornog odbora FLAG-a bilo koja pojedinačna interesna skupina ne ostvaruje više od 49% glasačkih prava. Uz navedeno, udio predstavnika gospodarske interesne skupine iz sektora ribarstva u Nadzornom odboru mora biti najmanje 40%, a najviše 49% kako bi se osigurala njihova značajna zastupljenost.
Nadzorni odbor ima 7 članova koji između sebe biraju Predsjednika Nadzornog odbora i zamjenika Predsjednika Nadzornog odbora.
Članovi Nadzornog odbora FLAG-a Istarska batana su:- Općina Ližnjan-Lisignano, predstavnik Marko Ravnić – Predsjednik NO (javni sektor)
- MED EKO SERVIS d.o.o., predstavnik Edo Krajcar, Dopredsjednik NO (javni sektor)
- Udruga „Kuća o batani-Casa della batana“, predstavnik Fabio Cherin (civilni sektor)
- Ankica Piccoli (civilni sektor)
- Davor Škorić, obrt za morski ribolov, predstavnik Davor Škorić (gospodarski sektor)
- Levan, obrt za morski ribolov i knjigovodstveni servis, predstavnik Siniša Pavlović (gospodarski sektor)
- R.I.S.T. TOURS d.o.o. za turizam i putnička agencija, predstavnik Aleksandar Ristovski (gospodarski sektor)
- udio predstavnika javnih lokalnih socio-ekonomskih interesa: 28,57%
- udio predstavnika civilnih lokalnih socio-ekonomskih interesa: 28,57%
- udio predstavnika gospodarskih lokalnih socio-ekonomskih interesa: 42,86%
